Платформа с открытым кодом, именуемая Drop-seq и использовавшаяся ранее только на клетках животных, теперь адаптирована для изучения экспрессии генов в растительных клетках.
Свободно распространяемый с 2015 года протокол, позволяющий ученым легко, быстро и, главное, дешево увидеть, какие гены экспрессируются и как это связано со специфическими функциями различных типов клеток, получил название Drop-seq. Однако группа исследователей, после нескольких лет успешного использования данного инструмента на клетках животных, задумалась о том, чтобы адаптировать данную методику для изучения клеток растений.
На пути ученых встали несколько препятствий, главным из которых является то, что у растений куда более толстые клеточные стенки, чем у клеток животных. Исследователи боялись, что при удалении стенок сама клетка будет сильно изменена и это сделает невозможным понимание ее нормального функционирования. Также выяснилось, что растительные клетки гораздо больше по размеру животных и они просто могут не пройти через существующие одноклеточные платформы RNA-seq.
Группа ученых из Объединенного института генома Министерства энергетики США (JGI) создала ферментные коктейли для удаления стенок в растительных клетках, не повреждая саму структуру клетки. Правда, для каждого растения придется составлять свой коктейль из определенного набора ферментов, но исследователи говорят, что даже эта, самая большая из сложностей с лихвой перекрывается открывающимися возможностями использования платформы RNA-seq на растениях.
Теперь исследователи смогут оценивать РНК внутри тысяч клеток за цикл; а предыдущие методики позволяли анализировать только сотни клеток одновременно. Это дает возможность ученым понять, как растения реагируют на то или другое изменение окружающей среды, и они смогут создавать более устойчивые к климатическим изменениям организмы.
Данная методика становится особенно актуальной в свете глобального изменения климата и необходимости обеспечить человечество продуктами питания, а также биотопливом в новых условиях.
По информации phys.org
