Первая часовня в честь святого была построена в Новосибирске около 100 лет назад, в честь 300-летнего юбилея царствующего в России дома Романовых.
В годы Советской власти часовня, как и многие другие храмы и объекты, она была варварски ограблена, разрушена и в конце концов, снесена.
Однако в 90-е годы часовня Святого Николая была восстановлена и среди других святынь хранит в себе частицы мощей Святителя Николая-чудотворца, который является небесным покровителем города.
Местные СМИ иногда тиражируют миф о том, что часовня расположена якобы в географическом центре России, однако специалисты не подтверждают эту красивую легенду.