Также его и еще 35 человек обвиняют в шпионаже и для других государств. В частности для Ирана, которому он также передавал документы государственной важности. Еще одно обвинение, это связи с экстремистскими организациями, поддерживаемые специально чтобы дестабилизировать ситуацию в Египте.
Но, вероятно, одним из самых тяжелых обвинений стало дело об убийстве демонстрантов и массовый побег заключенных в 2012 году. Сам же Мурси на эти обвинения говорит, что суд не имеет силы и его решения не имеют юридической силы.