Прудников был лишен поста, так как ВВС и ПВО были объединены в единую военную силу. Произошло это 18.12.1997 г. по распоряжению президента России. Таким манером он стал окончательным главкомом ПВО России.
Потом стал на пост главы штаба координирующего военное сотрудничество стран СНГ. Имел 4 ордена, почетное звание и правительственную премию. Дерябин и весь клуб военачальников выражают глубокие соболезнования по поводу смерти семье и близким В. Прудникова.